Pengguna baru akan menemukan dua versi Mendeley yaitu Mendeley Reference Manager dan Mendeley Desktop. Di laman web resmi Mendeley, pengunjung akan langsung diarahkan ke Mendeley Reference Manager dibanding ke Mendeley Desktop. Faktanya, keduanya merupakan program reference manager dari mendeley.com dan hanya berbeda versi pengembangan. Versi terbaru dari program ini yaitu Mendeley Reference Manager. Bayangkan Mendeley Desktop adalah versi lama dari aplikasi Mendeley dan sementara ini tetap disediakan di laman web-nya.
Di versi terbaru, ada perbedaan cara pemasangan add-on citation style (csl) Harvard University of Jember (unej-style). Namun, jangan kuatir, caranya sangat mudah dan syaratnya cuma anda perlu terhubung ke internet dulu.